研究業績

2014年度

学会報告

伊藤 茜、森下真衣、宮田静香、和泉真樹子、栗本英治
一本鎖化PAC3/PAC4 を利用したヒトプロテアソームaリング形成過程の解析
第 60 回日本薬学会東海支部総会・大会(鈴鹿)平成 26 年 7 月 5 日

Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi
Investigations for Conformations of [GADV]-peptides Using Molecular Dynamics Simulations
Origins 2014(奈良)平成26年7月8日

Akifumi Oda, Ikuhiko Noji, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi
Predictions of Binding Modes between Protein L-isoaspartyl (D-aspartyl) O-methyltransferase and Ligands
The 2nd International Conference of D-Amino Acid Research(宇都宮)平成26年9月3日

M. Ito, Y. Katono, A. Oda, N. Hirasawa, M. Hiratsuka
Functional Characterization of 20 Allelic Variants of CYP1A2
12th International Symposium on Cytochrome P450 Biodiversity and Biotechnology(京都)平成26年9月24日

C. Tsukada, A. Oda, M. Maekawa, N. Mano, N. Hirasawa, M. Hiratsuka
Functional characterization of 12 allelic variants of CYP2C8 involved in paclitaxel 6α-hydroxylation and amodiaquine N-deethylation
12th International Symposium on Cytochrome P450 Biodiversity and Biotechnology(京都)平成26年9月24日

Akifumi Oda, Kana Kobayashi, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
Computational studies for the influences of protein flexibilities on enzymatic activities of the wild type and mutants of CYP2B6
第52回日本生物物理学会年会(札幌)平成26年9月27日

古橋隆久、加藤紘ー、栗本英治
コイルドコイルを介した酵母輸送タンパク質(Emp46p/47p)の会合メカニズムの解析および pH バイオセンサーへの応用
第 87 回日本生化学会大会(京都)平成 26 年 10 月 16 日

Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
Prediction of Three-dimensional Structures and Structural Flexibilities of Wild-type and Mutant Cytochrome P450 1A2 by Molecular Dynamics Simulations
19th North American ISSX Meeting and 29th JSSX Annual Meeting(San Francisco, USA)平成26年10月21日

渡邉友里江、福吉修一、伊藤雅、平塚真弘、山乙教之、広野修一、小田彰史
分子動力学シミュレーションを用いた野生型・変異型CYP1A2の立体構造および構造柔軟性の予測
第42回構造活性相関シンポジウム(熊本)平成26年11月13日

小田彰史、福吉修一
分子動力学法による小さいタンパク質の立体構造の推定
第42回構造活性相関シンポジウム(熊本)平成26年11月13日

米谷正治、渡邉友里江、福吉修一、小田彰史
分子動力学シミュレーションを用いた野生型・変異型チトクロム P450 2D6の立体構造及び構造柔軟性の予測
第126回日本薬学会北陸支部例会(金沢)平成26年11月16日

森野真由、西條憲、石岡千加史、成田紘一、加藤正、福吉修一、小田彰史
PI3K/HDAC二重阻害剤ロミデプシンおよびその類縁体とHDAC1との複合体構造予測
第126回日本薬学会北陸支部例会(金沢)平成26年11月16日

田中智裕、福吉修一、小田彰史
ニトロベンゾフランを対象とした光誘起ニトロ‐ニトリト転位反応の研究
第126回日本薬学会北陸支部例会(金沢)平成26年11月16日

渡邉友里江、福吉修一、伊藤雅、平塚真弘、山乙教之、広野修一、小田彰史
分子動力学シミュレーションを用いた野生型・変異型CYP1A2の立体構造および構造柔軟性の予測
第126回日本薬学会北陸支部例会(金沢)平成26年11月16日

皆瀨麻子, 阿部孝俊, 太田公規, 小田彰史, 遠藤泰之
カルボラニルフェニルグリセロール誘導体の抗アンドロゲン活性とその構造活性相関
第32回メディシナルケミストリーシンポジウム(神戸)平成26年11月26日

小田彰史、太田公規、遠藤泰之、福吉修一
カルボランのAMBER力場パラメータの開発
第37回情報化学討論会(豊橋)平成26年11月28日

加藤紘ー、古橋隆久、野口彩佳、栗本英治
酵母輸送タンパク質 Emp46p/47p のコイルドコイルドメインの会合特性改変と pH バイオセンサーへの応用
日本薬学会第 135 年会(神戸)平成 27 年 3 月 26 日

藤井賢一朗、福吉修一、山乙教之、広野修一、小田彰史
リガンド結合部位探索プログラムHBOPおよびHBSITEを用いたエストロゲン受容体αとβの構造的差異の評価
日本薬学会第 135 年会(神戸)平成 27 年 3 月 27 日

小田彰史、福吉修一
小さいタンパク質の立体構造および二次構造を分子動力学法で予測できるか?
日本薬学会第 135 年会(神戸)平成 27 年 3 月 27 日

福吉修一、小田彰史
ジニトロベンジルピリジン誘導体のフォトクロミズム
日本薬学会第 135 年会(神戸)平成 27 年 3 月 27 日

栗本英治、伊藤 茜、宮田静香、和泉真樹子、角田 潤
PAC3/PAC4 の一本鎖化とシャペロン機能発現メカニズムの解析
日本薬学会第 135 年会(神戸)平成 27 年 3 月 27 日

渡邉友里江、福吉修一、伊藤雅、平塚真弘、山乙教之、広野修一、小田彰史
ドッキングおよび分子動力学シミュレーションによる野生型・変異型CYP1A2と7-エトキシレゾルフィンとの複合体構造の予測
日本薬学会第 135 年会(神戸)平成 27 年 3 月 28 日

原著論文

小田彰史
結合型D-アミノ酸についての計算機的研究
D-アミノ酸学会誌, 2, 1-6 (2014).

Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi, Ryoichi Nakagaki, Ohgi Takahashi
Multi-objective Optimizations for Selections of Protein-Ligand Docking Poses using Pareto Optima as a Consensus Score
JPS Conf. Proc., 1, 016005 (2014).

Kiminori Ohta, Takumi Ogawa, Asako Kaise, Akifumi Oda, Yasuyuki Endo
Aliphatic Substitution of o-Carboranyl Phenols Enhances Estrogen Receptor Beta Selectivity
Chem. Pharm. Bull., 62, 386-391 (2014).

Kana Kobayashi, Ohgi Takahashi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Yurie Watanabe, Akifumi Oda
Evaluation of influence of single nucleotide polymorphisms in cytochrome P450 2B6 on substrate recognition using computational docking and molecular dynamics simulation
PLOS ONE, 9, e96789 (2014).

Akifumi Oda, Ken Saijo, Chikashi Ishioka, Koichi Narita, Tadashi Katoh, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi
Predicting the structures of complexes between phosphoinositide 3-kinase (PI3K) and romidepsin-related compounds for the drug design of PI3K/histone deacetylase dual inhibitors using computational docking and the ligand-based drug design approach
J. Mol. Graph. Model., 54, 46-53 (2014).

Yuka Muroi, Takahiro Saito, Masamitsu Takahashi, Kanako Sakuyama, Yui Niinuma, Miyabi Ito, Chiharu Tsukada, Kiminori Ohta, Yasuyuki Endo, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional Characterization of Wild-type and 49 CYP2D6 Allelic Variants for N-desmethyltamoxifen 4-hydroxylation Activity
Drug Metab. Pharmacokinet., 29, 360-366 (2014).

Tadashi Sato, Akira Sumiyoshi, Maho Yagi–UUtsumi, Eri Sakata, Hiroaki Sasakawa, Eiji Kurimoto, Yoshiki Yamaguchi, Wei Li, Claudio A. P. Joazeiro, Takatsugu Hirokawa, Koichi Kato
Mode of substrate recognition by the Josephin domain of ataxin–3, which has an endo–type deubiqutinase activity
FEBS Lett., 588, 4422–4430(2014)

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