研究業績
2020年度
学会報告
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on mechanisms for intramolecular cyclization of N-terminal glutamic acid residues
日本蛋白質科学会第20回年会（札幌・オンライン）令和2年7月7日
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Function of the segments in coiled-coils of yeast cargo receptors Emp46p/47p in their assembly and possibility of application to pH-dependent biosensor
日本蛋白質科学会第20回年会（札幌・オンライン）令和2年7月7日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史
酸性アミノ酸残基導入によるコイルドコイルのpH依存的な会合特性改変とバイオセンサーへの応用
第93回日本生化学会大会（横浜・オンライン）令和2年9月14日-16日.
仲吉朝希、鰐田皓太、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
酵素非存在下においてもアスパラギン残基の脱アミド化は進行する：酢酸による触媒機序の量子化学計算
第93回日本生化学会大会（横浜・オンライン）令和2年9月14日-16日.
仲吉朝希、加藤紘一、高橋央宜、栗本英治、小田彰史
量子化学計算によるAsp-Gly配列からの環状イミド形成経路探索
日本病院薬剤師会東海ブロック・日本薬学会東海支部合同学術大会2020（岐阜・オンライン）令和2年11月21日-22日
公文代將希、Evelyn Gutiérrez、菱沼英史、齋藤さかえ、田高周、木下賢吾、前川正充、三枝大輔、仲吉朝希、小田彰史、平塚真弘
日本人4776人の全ゲノム解析により同定された18種のCYP3A4遺伝子多型に由来するバリアント酵素の機能変化解析
第41回日本臨床薬理学会学術総会（福岡・オンライン）令和2年12月3-5日
仲吉朝希、加藤紘一、小柳津良太、野田奈津子、栗本英治、小田彰史
原始タンパク質における「5番目」のアミノ酸
第43回ケモインフォマティクス討論会（オンライン）令和2年12月9日
仲吉朝希、加藤紘一、高橋央宜、栗本英治、小田彰史
L-isoAsp/D-Asp 含有ペプチドに対する酵素 PIMT の基質認識機構の解析
第48回構造活性相関シンポジウム（オンライン）令和2年12月10日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史
Asn-Ile 配列における Asn 残基の非酵素的 C 末端側ペプチド結合切断機構の解析
第48回構造活性相関シンポジウム（オンライン）令和2年12月10日
榊原健人、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
N末端におけるL-アスパラギン酸残基の非酵素的スクシンイミド形成機構の量子化学計算による解析
日本薬学会第141年会（広島・オンライン）令和3年3月27日
金子晴香、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
非酵素条件下でのペプチド結合の形成についての量子化学計算
日本薬学会第141年会（広島・オンライン）令和3年3月27日
仲吉朝希、加藤紘一、高橋央宜、栗本英治、小田彰史
ドッキングおよび分子動力学シミュレーションによる酵素PIMTの基質認識機構の予測
日本薬学会第141年会（広島・オンライン）令和3年3月27日
長江麻莉奈、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
N-アセチルトランスフェラーゼ2の遺伝子多型による立体構造の変化に関する分子動力学シミュレーションを用いた解析
日本薬学会第141年会（広島・オンライン）令和3年3月27日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史
アスパラギン残基の脱アミド化がγSクリスタリンの立体構造に及ぼす影響
日本薬学会第141年会（広島・オンライン）令和3年3月27日
疋田清美、村田富保、仲吉朝希、小田彰史、浅尾直樹、旦慎吾、金田典雄
イソフラボン(S)-Erypoegin Kの標的分子の同定：新規トポイソメラーゼII阻害剤
日本薬学会第141年会（広島・オンライン）令和3年3月28日
原著論文
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on the mechanisms of nonenzymatic intramolecular cyclization of the glutamine residues located at N-termini catalyzed by inorganic phosphate species
ACS Omega, 5, 9162-9170 (2020).
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Hiro Takahashi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on nonenzymatic succinimide-formation mechanisms of the aspartic acid residues catalyzed by two water molecules
BBA Proteins Proteomics, 1868, 140459 (2020).
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Mizuha Sato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Molecular dynamics simulations for three-dimensional structures of orotate phosphoribosyltransferases constructed from a simplified amino acid set
ACS Omega, 5, 13069-13076 (2020).
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Influence of the conformations of αA-crystallin peptides on the isomerization rates of aspartic acid residues
BBA Proteins Proteomics, 1868, 140480 (2020).
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on nonenzymatic pyroglutamylation mechanism of N-terminal glutamic acid residues in aqueous conditions
Mol. Phys., 118, e1702727 (2020).
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Mechanisms of deamidation of asparagine residues and effects of main-chain conformation on activation energy
Int. J. Mol. Sci., 21, 7035 (2020).
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Hiroki Inoue, Shuichi Fukuyoshi, Kiminori Ohta, Yasuyuki Endo, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Development of force field parameters for p-carborane to investigate the structural influence of carborane derivatives on drug targets by complex formation
Biol. Pharm. Bull., 43, 1931-1939 (2020).
仲吉朝希、森部聖士、栗本英治、野田奈津子、加藤紘一、小田彰史
限られた種類のアミノ酸のみから構成される原始タンパク質の部分構造の予測
名城大学総合研究所総合学術研究論文集, 19, 11-19 (2020).
Kiyomi Hikita, Yuko Yamakage, Honoka Okunaga, Yui Motoyama, Haruka Matsuyama, Kenta Matsuoka, Tomiyasu Murata, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Kuniki Kato, Hitoshi Tanaka, Naoki Asao, Shingo Dan, Norio Kaneda
(S)-Erypoegin K, an isoflavone isolated from Erythrina poeppigiana, is a novel inhibitor of topoisomerase IIα: Induction of G2 phase arrest in human gastric cancer cells
Bioorg. Med. Chem., 30, 115904 (2021).
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Molecular mechanisms of succinimide formation from aspartic acid residues catalyzed by two water molecules in the aqueous phase
Int. J. Mol. Sci., 22, 509 (2021).
Masaki Kumondai, Akio Ito, Evelyn Marie Gutiérrez Rico, Eiji Hishinuma, Akiko Ueda, Sakae Saito, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita, Masamitsu Maekawa, Nariyasu Mano, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional assessment of 12 rare allelic CYP2C9 variants identified in a population of 4,773 Japanese individuals
J. Pers. Med., 11, 94 (2021).
Masaki Kumondai, Evelyn Marie Gutiérrez Rico, Eiji Hishinuma, Akiko Ueda, Sakae Saito, Daisuke Saigusa, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Ai Abe, Masamitsu Maekawa, Nariyasu Mano, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional characterization of 40 CYP3A4 variants by assessing midazolam 1’-hydroxylation and testosterone 6β-hydroxylation
Drug Metab. Dispos., 49, 212-220 (2021).
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Modification of the pH-dependence of assembly of yeast cargo receptor Emp47p coiled-coil domains: computational design and experimental mutagenesis
J. Phys. Chem. B, 125, 2222-2230 (2021).
