研究業績
2021年度
学会報告
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、鷹野優、小田彰史
計算化学的手法に基づく酵素PIMT-基質ペプチド複合体の溶液構造予測
第47回生体分子科学討論会（姫路・オンライン）令和3年6月4日
藪万有香、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
[GADV]-ペプチドへのβ-アミノ酸の追加が立体構造に与える影響
第67回日本薬学会東海支部大会（名古屋・オンライン）令和3年7月3日
金子晴香、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
量子化学計算による酵素非存在下でのペプチド結合の形成についての検討
第67回日本薬学会東海支部大会（名古屋・オンライン）令和3年7月3日
長江麻莉奈、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
N-アセチルトランスフェラーゼ2のアミノ酸変異による立体構造変化に関する分子動力学シミュレーション
第67回日本薬学会東海支部大会（名古屋・オンライン）令和3年7月3日
真野雅世、秋山祐香、梶原嵩太郎、小田彰史、栗本英治
ヒトプロテアソーム集合シャペロンPAC4のドメインスワップダイマー形成メカニズムの解析
第67回日本薬学会東海支部大会（名古屋・オンライン）令和3年7月3日
曽根由利香、森川真衣、河村怜奈、青木由華、今井麻由奈、小田彰史、栗本英治
ヒトプロテアソームのサブユニット間相互作用部位への変異導入によるリング構造の改変とその応用
第67回日本薬学会東海支部大会（名古屋・オンライン）令和3年7月3日
榊原健人、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
量子化学計算による水２分子触媒下におけるN末端L-アスパラギン酸残基の非酵素的スクシンイミド形成機構の検討
第67回日本薬学会東海支部大会（名古屋・オンライン）令和3年7月3日
仲吉朝希、加藤紘一、藪万有香、小柳津良太、野田奈津子、栗本英治、小田彰史
異性化アスパラギン酸が[GADV]-ペプチドの立体構造に与える影響
第16回D-アミノ酸学会学術講演会（鈴鹿・オンライン）令和3年9月11日
加藤紘一、淺井遥、仲吉朝希、石川吉伸、栗本英治、小田彰史
Gln-Gly 配列における Gln 脱アミド化の反応機構
第16回D-アミノ酸学会学術講演会（鈴鹿・オンライン）令和3年9月11日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、鷹野優、小田彰史
計算化学的手法に基づくヒトおよび Thermotoga maritima 由来 PIMT の基質認識機構の予測
第16回D-アミノ酸学会学術講演会（鈴鹿・オンライン）令和3年9月11日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
SARS-CoV-2メインプロテアーゼ活性部位のヴァーチャルアラニンスキャン
日本物理学会2021年秋季大会（東京・オンライン）令和3年9月22日
平塚真弘、公文代將希、Evelyn Marie Gutiérrez、菱沼英史、上田昭子、齋藤さかえ、三枝大輔、田高周、木下賢吾、仲吉朝希、小田彰史、前川正充、眞野成康、平澤典保
バイオバンク情報を活用した40種のCYP3A4バリアントにおける機能変化解析
日本人類遺伝学会第66回大会・第28回日本遺伝子診療学会大会（横浜）令和3年10月14-16日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、鷹野優、小田彰史
Virtual alanine scanによるSARS-CoV-2メインプロテアーゼの阻害剤の認識に重要な残基の予測
第44回日本生体医工学会中国四国支部大会（広島・オンライン）令和3年11月6日
加藤紘一、仲吉朝希、石川由伸、栗本英治、小田彰史
Asn残基の脱アミド化およびC末端側ペプチド結合切断におけるC末端側Pro残基の影響
第49回構造活性相関シンポジウム（オンライン）令和3年11月18日
Masahiro Hiratsuka, Masaki Kumondai, Akio Ito, Evelyn Marie Gutiérrez Rico, Eiji Hishinuma, Akiko Ueda, Sakae Saito, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita, Masamitsu Maekawa, Nariyasu Mano, Noriyasu Hirasawa
Functional Assessment of 12 Rare Allelic CYP2C9 Variants Identified in a Population of 4773 Japanese Individual
日本薬物動態学会第36回年会（高崎・オンライン）令和3年11月19日
小田彰史
タンパク質立体構造を利用したin silico創薬
令和3年度第三回東名産学官・医連携研究会（オンライン）令和3年11月30日
平塚真弘、渡邊卓嗣、齋藤雄大、菱沼英史、公文代將希、前川正充、小田彰史、齋藤さかえ、三枝大輔、田高周、木下賢吾、平澤典保
一般住民バイオバンクの全ゲノム情報を活用したCYP2B6遺伝子多型バリアントの網羅的機能変化解析
第42回日本臨床薬理学会学術総会（仙台）令和3年12月9-11日
仲吉朝希、加藤紘一、藪万有香、小柳津良太、野田奈津子、栗本英治、小田彰史
β-アスパラギン酸含有ペプチドは原始タンパク質となり得るか
第44回ケモインフォマティクス討論会（オンライン）令和3年12月10日
加藤紘一、仲吉朝希、藪万有香、石川吉伸、栗本英治、小田彰史
α-アミノイソ酪酸が原始タンパク質に含まれていた可能性の検討
第46回生命の起原および進化学会学術講演会（仙台・オンライン）令和4年3月22日
小田彰史、加藤博章（シンポジウム世話人・オーガナイザー）
物理系薬学部会シンポジウム ～若い力で推進する物理系薬学～
日本薬学会第142年会（名古屋・オンライン）令和4年3月26日
牧野紗季、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
ドッキングで得られた一本鎖タンパク質-リガンド複合体構造の分子動力学シミュレーション
日本薬学会第142年会（名古屋・オンライン）令和4年3月26日
森月結菜、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
複数鎖タンパク質とリガンドとのドッキングによって得られた複合体構造のシミュレーション
日本薬学会第142年会（名古屋・オンライン）令和4年3月26日
稲岡顕頌、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
Asp残基がD-化したβアミロイドの分子動力学シミュレーション
日本薬学会第142年会（名古屋・オンライン）令和4年3月26日
竹下由里子、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
遺伝子多型によるシトクロムP450 2C9の立体構造の変化に関する分子動力学シミュレーションによる評価
日本薬学会第142年会（名古屋・オンライン）令和4年3月26日
伊藤菜月、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
野生型および変異型シトクロムP450 2C19の分子動力学シミュレーション
日本薬学会第142年会（名古屋・オンライン）令和4年3月26日
坂井田昂士、真野雅世、秋山祐香、梶原嵩太郎、小田彰史、栗本英治
変異導入によるヒトプロテアソーム集合シャペロンPAC4のドメインスワップダイマー形成の解析
日本薬学会第142年会（名古屋・オンライン）令和4年3月26日
仲吉朝希、加藤紘一、松浦絵梨、栗本英治、平塚真弘、鷹野優、小田彰史
ドッキングおよび分子動力学シミュレーションによるCYP2C8-アモジアキン複合体の立体構造予測
日本薬学会第142年会（名古屋・オンライン）令和4年3月27日
原著論文
小田彰史、仲吉朝希
生体内で起こる「美しくない」化学反応
生体内非酵素的反応のコンピュータによる解析
ファルマシア, 57, 500-504 (2021).（解説記事）
Yohei Saito, Yukako Taniguchi, Sachika Hirazawa, Yuta Miura, Hiroyuki Tsurimoto, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Ernest Hamel, Katsumi Yamashita, Masuo Goto, Kyoko Nakagawa-Goto
Effects of substituent pattern on the intracellular target of antiproliferative benzo[b]thiophenyl chromone derivatives
Eur. J. Med. Chem., 222, 113578 (2021).
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Theoretical studies on the effect of isomerized aspartic acid residues on the three-dimensional structures of bovine pancreatic ribonucleases A
Biol. Pharm. Bull., 44, 967–975 (2021).
Masaki Kumondai, Evelyn Marie Gutiérrez Rico, Eiji Hishinuma, Yuya Nakanishi, Shuki Yamazaki, Akiko Ueda, Sakae Saito, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita, Daisuke Saigusa, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional characterization of 21 rare allelic CYP1A2 variants identified in a population of 4773 Japanese individuals by assessing phenacetin O-deethylation
J. Pers. Med., 11, 690 (2021).
Tomoki Nakayoshi, Kota Wanita, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational analysis of nonenzymatic deamidation of asparagine residues catalyzed by acetic acid
Mol. Phys., 119, e1827176 (2021).
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Molecular dynamics simulations for the protein–ligand complex structures obtained by computational docking studies using implicit or explicit solvents
Chem. Phys. Lett., 781, 139022 (2021).
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Virtual alanine scan of the main protease active site in severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
Int. J. Mol. Sci., 22, 9837 (2021).
Koichi Kato†, Tomoki Nakayoshi†, Rika Nokura, Hiroki Hosono, Masahiro Hiratsuka, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Deciphering structural alterations associated with activity reductions of genetic polymorphisms in cytochrome P450 2A6 using molecular dynamics simulations
Int. J. Mol. Sci., 22, 10119 (2021). (†equal contribution)
仲吉朝希、加藤紘一、鰐田皓太、栗本英治、小田彰史
酢酸分子によるアスパラギン残基の脱アミド化の触媒機構探索 -酢酸分子と水和水の間の水素結合の役割-
名城大学総合研究所総合学術研究論文集, 20, 27-35 (2021).
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational analysis of the mechanism of nonenzymatic peptide bond cleavage at the C-terminal side of an asparagine residue
ACS Omega, 6, 30078-30084 (2021).
Haruka Asai, Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yoshinobu Ishikawa, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Nobuyuki Fukuishi
Nonenzymatic deamidation mechanism on a glutamine residue with a C-terminal adjacent glycine residue: A computational mechanistic study
AppliedChem, 1, 142-155 (2021).
Koichi Kato, Yasuro Shinohara, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa
Computational quantitation of the aldehyde forms of aldohexoses and disaccharides composed of D-glucose: Predictions of their reactivities in the Maillard reaction
Comput. Theor. Chem., 1209, 113605 (2022).
