研究業績
2024年度
学会報告
矢﨑望歩、仲吉朝希、加藤紘一、水谷衣美、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによるCYP3A4野生型および変異体の立体構造解析
第88回日本生化学会中部支部例会（岐阜）令和6年5月25日
仲吉朝希、大西裕介、田中秀明、栗栖源嗣、小田彰史、鷹野優
分子動力学シミュレーションによる植物型フェレドキシンの酸化還元状態依存的構造変化の推定
第88回日本生化学会中部支部例会（岐阜）令和6年5月25日
酒井友紀菜、近藤寛子、仲吉朝希、兼松佑典、鷹野優、新井博文
分子動力学シミュレーションにおけるヘムの汎用力場の開発に向けて
第24回日本蛋白質科学会年会（札幌）令和6年6月11日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Virtual alanine scan for entire sequence of SARS-CoV-2 main protease complexed with ensitrelvir
21st International Union of Pure and Applied Biophysics and 62nd Biophysics Society of Japan Joint Congress (IUPAB 2024)（Kyoto）令和6年6月25日
Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano
Computational estimation of the free energy change of peptide- bond rotation induced by reduction of "plant-type" ferredoxin
21st International Union of Pure and Applied Biophysics and 62nd Biophysics Society of Japan Joint Congress (IUPAB 2024)（Kyoto）令和6年6月28日
清井義、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
1分子動力学シミュレーションによるSARS-CoV-2メインプロテアーゼ－ニルマトレルビル複合体の構造的特徴の解析と薬剤耐性の予測
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
矢﨑望歩、仲吉朝希、加藤紘一、水谷衣美、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
CYP3A4変異体の酵素活性と立体構造の関係についての分子動力学シミュレーション
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
新垣あゆみ、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによるD-Asp残基を含む4量体アミロイドβ1-42の立体構造解析
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
タンパク質構成要素としてのオルニチン残基の非酵素的ラクタム化反応の量子化学計算
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
分子動力学計算に基づく酵素PIMTの基質認識機構の推定
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
桐谷盛宏、早田悠乃、梶田栞里、嶺井希和子、小田彰史、栗本英治
プロテアソームαリングを構成するサブユニット間相互作用様式の解析およびリング形成制御への応用
第70回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和6年7月6日
Koichi Kato, Haruka Asai, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa
Investigation of the effect of C-terminal adjacent phenylalanine residues on asparagine deamidation by quantum chemical calculations
The 6th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2024)（Kanazawa）令和6年8月21日-22日
Ayumi Shingaki, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on effects of D-Asp residues on the three-dimensional structures of amyloid beta tetramers
The 6th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2024)（Kanazawa）令和6年8月21日-22日
Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Kenju Inaoka, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Structural investigations of amyloid beta peptide monomer including D-asparatic acid residues by long-time molecular dynamics simulations with continuous solvent model
The 6th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2024)（Kanazawa）令和6年8月21日-22日
Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies of substrate recognition mechanisms of human PIMT based on molecular dynamics simulations
The 6th International Conference of D-Amino Acid Research (IDAR2024)（Kanazawa）令和6年8月21日-22日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Virtual alanine scan to predict ensitrelvir resistance of SARS-CoV-2 main protease
24th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship (24th EuroQSAR)（Barcelona）令和6年9月23日-24日
Tomoki Nakayshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Computational studies of substrate recognition mechanisms of human PIMT based on molecular dynamics simulations
24th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationship (24th EuroQSAR)（Barcelona）令和6年9月23日-24日
原著論文
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational Estimation of Residues Involving Resistance to the SARS-CoV-2 Main Protease Inhibitor Ensitrelvir Based on Virtual Alanine Scan of the Active Site
Biol. Pharm. Bull., 47, 967-977 (2024).
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yasuro Shinohara, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa
Theoretical Studies on the Reaction Mechanism of Schiff Base Formation from Hexoses
J. Phys. Chem. B, 128, 4952–4958 (2024).
Shuki Yamazaki, Eiji Hishinuma, Yuma Suzuki, Akiko Ueda, Caroline Kijogi, Tomoki Nakayoshi, Akifumi Oda, Sakae Saito, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita, Masamitsu Maekawa, Yu Sato, Masaki Kumondai, Nariyasu Mano, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional significance of CYP2B6 gene rare allelic variants identified in Japanese individuals
Biochem. Pharmacol., 229, 116515 (2024).
Shinji Kitagaki, Tomoki Nakayoshi, Sota Masunaka, Akane Uchida, Mai Inano, Emika Yoshida, Yusuke Washino, Hiroshi Aoyama, Keisuke Yoshida
Highly regio- and stereoselective (3 + 2) annulation reaction of allenoates with 3-methyleneindolin-2-ones catalyzed by a planar chiral [2.2]paracyclophane-based bifunctional phosphine–phenol catalyst
Org. Biomol. Chem., 22, 7817-7833 (2024).
著書
小田彰史（編集および分担執筆）
コンパス物理化学 改訂第4版（日野知証・小田彰史 編）、南江堂（令和6年11月25日）
分担執筆部分：9章 相平衡、pp. 161-176
