2018年度

• 学会報告
• 原著論文

学会報告

佐藤瑞翔、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
大腸菌OPRTase を基としたアミノ酸種限定タンパク質の分子動力学シミュレーションによる立体構造の解明
第64回日本薬学会東海支部大会（名古屋）平成30年6月30日

足立さなえ、西部侃汰、橋本友佳、大賀祐太郎、小田彰史、栗本英治
ヒト20S プロテアソームのリング構造をベースとしたタンパク質の集積化とその応用
第64回日本薬学会東海支部大会（名古屋）平成30年6月30日

井上尋貴、仲吉朝希、加藤紘一、太田公規、遠藤泰之、栗本英治、小田彰史
カルボラン誘導体がアンドロゲンレセプターの立体構造に与える影響の予測
第64回日本薬学会東海支部大会（名古屋）平成30年6月30日

松浦絵梨、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによる野生型および変異型シトクロムP450 2C8 の構造および柔軟性の評価
第64回日本薬学会東海支部大会（名古屋）平成30年6月30日

森部聖士、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
少数のアミノ酸からなる原始タンパク質モデル分子の立体構造解析
第64回日本薬学会東海支部大会（名古屋）平成30年6月30日

仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
αA-クリスタリンペプチドにおけるAsp異性体の相互異性化速度に寄与する因子についての計算化学的研究
第14回D-アミノ酸学会学術講演会（富山）平成30年9月5日

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Modification of pH-dependence for coiled-coil assembly by introducing glutamate residue to the hydrophobic surface: computational design and experimental mutagenesis
22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships (Thessaloniki, Greece) 平成30年9月17日-19日.

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Theoretical study for the influence of Asp-residue stereoinversion and/or isomerization on the three-dimensional structure of ribonuclease A
22nd European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships (Thessaloniki, Greece) 平成30年9月17日-19日.

仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
生体内の雑多な分子が非酵素反応において果たす役割の量子化学計算による検討
第28回日本メイラード学会年会（札幌）平成30年10月7日

仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
N末端グルタミン残基のピログルタミル化機構の解析
第46回構造活性相関シンポジウム（吹田）平成30年12月5日

加藤紘一、仲吉朝希、塚本喜久雄、栗本英治、小田彰史
アスパラギン残基の非酵素的なC末端側ペプチド結合切断機構の量子化学計算による解析
第46回構造活性相関シンポジウム（吹田）平成30年12月5日

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational Studies on Pyroglutamylation Mechanism of N-Terminal Glutamic Acid Residues in Aqueous Conditions
59th Sanibel Symposium (St. Simons Island, USA) 平成31年2月18日.

小田彰史
酵素で制御されていない生体内反応についての計算化学的研究
第7回物理・分析系若手研究者セミナー（仙台）平成31年2月23日

小田彰史、仲吉朝希、加藤紘一、森部聖士、野田奈津子、栗本英治
GADVアミノ酸セットにグルタミン酸が加わることの構造生物学的意味
生命の起原および進化学会第44回学術講演会（三鷹）平成31年3月19日

仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
ホモセリンはなぜタンパク質構成アミノ酸に選択されなかったのか：量子化学計算手法による検討
生命の起原および進化学会第44回学術講演会（三鷹）平成31年3月19日

加藤紘一、佐藤瑞翔、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによるアミノ酸組成単純化型大腸菌オロト酸ホスホリボシルトランスフェラーゼの立体構造予測
生命の起原および進化学会第44回学術講演会（三鷹）平成31年3月19日

加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田 彰史
グルタミン酸残基の異常pKaを利用したコイルドコイルのpH依存的な会合制御
日本薬学会第139年会（千葉）平成31年3月22日

仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
N末端グルタミン酸残基の環化機構：無機リン酸化学種による触媒機構についての量子化学計算
日本薬学会第139年会（千葉）平成31年3月22日

鰐田皓太、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田 彰史
アスパラギン残基の非酵素的脱アミド化において酢酸分子が触媒として機能する可能性の計算化学的検討
日本薬学会第139年会（千葉）平成31年3月22日

野倉里香、仲吉朝希、加藤紘一、松浦絵梨、平塚真弘、栗本英治、小田 彰史
分子動力学シミュレーションを用いた野生型および変異型CYP2A6の立体構造の推定
日本薬学会第139年会（千葉）平成31年3月22日

名倉鮎香、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
野生型および変異型ジヒドロピリミジナーゼの分子動力学シミュレーション
日本薬学会第139年会（千葉）平成31年3月22日

野田奈津子、仲吉朝希、加藤紘一、森部聖士、栗本英治、小田彰史
原始タンパク質がD-アミノ酸を含んだ場合の立体構造予測
日本薬学会第139年会（千葉）平成31年3月22日

山本和哉、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史
量子化学計算によるセレノシステインの構造的特徴の算出
日本薬学会第139年会（千葉）平成31年3月22日

成田瑶子、菱沼英史、齋藤さかえ、安田純、長﨑正朗、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
日本人3554人の全ゲノム解析から同定されたジヒドロピリミジナーゼ遺伝子多型におけるバリアント酵素の機能変化
日本薬学会第139年会（千葉）平成31年3月23日

佐藤匡史、関口太一郎、石井健太郎、Chihong Song、小財稔矢、渡辺大輝、矢木宏和、矢木真穂、谷中冴子、栗本英治、内橋貴之、村田和義、内山進、加藤晃一
プロテアソームαサブユニットの自己組織化
日本生物物理学会 平成30年度中部支部講演会・総会（岡崎）平成31年3月26日

原著論文

Koichi Kato, Takahisa Furuhashi, Koichi Kato, Akifumi Oda, Eiji Kurimoto
The assembling mechanism of coiled-coil domains of the yeast cargo receptors Emp46p/47p and the mutational alteration of pH-dependency of complex formation
J. Biochem., 163, 441-446 (2018).

Hikaru Fujita, Satoshi Kakuyama, Shuichi Fukuyoshi, Naoko Hayakawa, Akifumi Oda, Munetaka Kunishima
Triazine-based cationic leaving group: synergistic driving forces for rapid formation of carbocation species
J. Org. Chem., 83, 4568-4580 (2018).

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on the water-catalyzed stereoinversion mechanism of glutamic acid residues in peptides and proteins
Chirality, 30, 527-535 (2018).

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Comparison of the activation energy barrier for succinimide formation from α- and β-aspartic acid residues obtained from density functional theory calculations
BBA Proteins Proteomics, 1866, 759-766 (2018).

Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Ohgi Takahashi
Influences of conformations of peptides on stereoinversions and/or isomerizations of aspartic acid residues
BBA Proteins Proteomics, 1866, 783-788 (2018).

Asako Kaise, Kiminori Ohta, Shinya Fujii, Akifumi Oda, Tokuhito Goto, Yasuyuki Endo
Novel androgen receptor full antagonists: Design, synthesis, and a docking study of glycerol and aminoglycerol derivatives that contain p-carborane cages
Bioorg. Med. Chem., 26, 3805-3811 (2018).

加藤紘一、仲吉朝希、福吉修一、栗本英治、小田彰史
分子動力学法による小さいタンパク質の立体構造予測におけるシミュレーション時間の検討
名城大学総合研究所総合学術研究論文集, 17, 41-50 (2018).

Takashi Watanabe, Takahiro Saito, Evelyn Marie Gutiérrez Rico, Eiji Hishinuma, Masaki Kumondai, Masamitsu Maekawa, Akifumi Oda, Daisuke Saigusa, Sakae Saito, Jun Yasuda, Masao Nagasaki, Naoko Minegishi, Masayuki Yamamoto, Hiroaki Yamaguchi, Nariyasu Mano, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional characterization of 40 CYP2B6 allelic variants by assessing efavirenz 8-hydroxylation
Biochem. Pharmacol., 156, 420-430 (2018).

Takahiro Saito, Evelyn Marie Gutiérrez Rico, Aoi Kikuchi, Akira Kaneko, Masaki Kumondai, Fumika Akai, Daisuke Saigusa, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional characterization of 50 CYP2D6 allelic variants by assessing primaquine 5-hydroxylation
Drug Metab. Pharmacokinet., 33, 250-257 (2018).

A. Oda, K. Kato, M. Morino, T. Nakayoshi, S. Fukuyoshi, K. Saijo, C. Ishioka, E. Kurimoto
Prediction of the three-dimensional structures of histone deacetylase 1 complexed with romidepsin and FK-A5
J. Phys.: Conf. Ser., 1136, 012019 (2018).

T. Nakayoshi, K. Kato, S. Fukuyoshi, O. Takahashi, E. Kurimoto, A. Oda
Computational studies on cyclic imide formation mechanism of glutamic acid residues catalyzed by two water molecules
J. Phys.: Conf. Ser., 1136, 012020 (2018).

K. Kato, K. Fujii, T. Nakayoshi, Y. Watanabe, S. Fukuyoshi, K. Ohta, Y. Endo, N. Yamaotsu, S. Hirono, E. Kurimoto, A. Oda
Structural differences between the ligand-binding pockets of estrogen receptors alpha and beta
J. Phys.: Conf. Ser., 1136, 012021 (2018).

Y. Watanabe, K. Kato, S. Fukuyoshi, M. Hiratsuka, N. Yamaotsu, S. Hirono, H. Gouda, A. Oda
Effect of the Arg456His mutation on the three-dimensional structure of cytochrome P450 1A2 predicted by molecular dynamics simulations
J. Phys.: Conf. Ser., 1136, 012023 (2018).

Y. Watanabe, A. Oda, H. Gouda
Molecular dynamics study of the interaction between PACAP (6'-38') and the N-terminal extracellular domain of the human splice variant hPAC1-R-short, aiming at the development of neuropathic pain medicine
J. Phys.: Conf. Ser., 1136, 012024 (2018).

Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on the nonenzymatic deamidation mechanisms of glutamine residues
ACS Omega, 4, 3508-3513 (2019).

Yu Zhang, Masuo Goto, Akifumi Oda, Pei-Ling Hsu, Ling-Li Guo, Yan-Hui Fu, Susan L. Morris-Natschke, Ernest Hamel, Kuo-Hsiung Lee, Xiao-Jiang Hao
Antiproliferative aspidosperma-type monoterpenoid indole alkaloids from Bousigonia mekongensis inhibit tubulin polymerization
Molecules, 24, 1256 (2019).