研究業績

2018年度

学会報告

佐藤瑞翔、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
大腸菌OPRTase を基としたアミノ酸種限定タンパク質の分子動力学シミュレーションによる立体構造の解明
第64回日本薬学会東海支部大会(名古屋)平成30年6月30日

足立さなえ、西部侃汰、橋本友佳、大賀祐太郎、小田彰史、栗本英治
ヒト20S プロテアソームのリング構造をベースとしたタンパク質の集積化とその応用
第64回日本薬学会東海支部大会(名古屋)平成30年6月30日

井上尋貴、仲吉朝希、加藤紘一、太田公規、遠藤泰之、栗本英治、小田彰史
カルボラン誘導体がアンドロゲンレセプターの立体構造に与える影響の予測
第64回日本薬学会東海支部大会(名古屋)平成30年6月30日

松浦絵梨、仲吉朝希、加藤紘一、平塚真弘、栗本英治、小田彰史
分子動力学シミュレーションによる野生型および変異型シトクロムP450 2C8 の構造および柔軟性の評価
第64回日本薬学会東海支部大会(名古屋)平成30年6月30日

森部聖士、仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
少数のアミノ酸からなる原始タンパク質モデル分子の立体構造解析
第64回日本薬学会東海支部大会(名古屋)平成30年6月30日

原著論文

Koichi Kato, Takahisa Furuhashi, Koichi Kato, Akifumi Oda, Eiji Kurimoto
The assembling mechanism of coiled-coil domains of the yeast cargo receptors Emp46p/47p and the mutational alteration of pH-dependency of complex formation
J. Biochem., 163, 441-446 (2018).

Hikaru Fujita, Satoshi Kakuyama, Shuichi Fukuyoshi, Naoko Hayakawa, Akifumi Oda, Munetaka Kunishima
Triazine-based cationic leaving group: synergistic driving forces for rapid formation of carbocation species
J. Org. Chem., 83, 4568-4580 (2018).

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on the water-catalyzed stereoinversion mechanism of glutamic acid residues in peptides and proteins
Chirality, 30, 527-535 (2018).

Tomoki Nakayoshi, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Comparison of the activation energy barrier for succinimide formation from α- and β-aspartic acid residues obtained from density functional theory calculations
BBA Proteins Proteomics, 1866, 759-766 (2018).

Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Ohgi Takahashi
Influences of conformations of peptides on stereoinversions and/or isomerizations of aspartic acid residues
BBA Proteins Proteomics, 1866, 783-788 (2018).

Asako Kaise, Kiminori Ohta, Shinya Fujii, Akifumi Oda, Tokuhito Goto, Yasuyuki Endo
Novel androgen receptor full antagonists: Design, synthesis, and a docking study of glycerol and aminoglycerol derivatives that contain p-carborane cages
Bioorg. Med. Chem., 26, 3805-3811 (2018).

T. Nakayoshi, K. Kato, S. Fukuyoshi, O. Takahashi, E. Kurimoto, A. Oda
Computational studies on cyclic imide formation mechanism of glutamic acid residues catalyzed by two water molecules
J. Phys.: Conf. Ser., in press.

A. Oda, K. Kato, M. Morino, T. Nakayoshi, S. Fukuyoshi, K. Saijo, C. Ishioka, E. Kurimoto
Prediction of the three-dimensional structures of histone deacetylase 1 complexed with romidepsin and FK-A5
J. Phys.: Conf. Ser., in press.

K. Kato, K. Fujii, T. Nakayoshi, Y. Watanabe, S. Fukuyoshi, K. Ohta, Y. Endo, N. Yamaotsu, S. Hirono, E. Kurimoto, A. Oda
Structural differences between the ligand-binding pockets of estrogen receptors alpha and beta
J. Phys.: Conf. Ser., in press.

Y. Watanabe, K. Kato, S. Fukuyoshi, M. Hiratsuka, N. Yamaotsu, S. Hirono, H. Gouda, A. Oda
Effect of the Arg456His mutation on the three-dimensional structure of cytochrome P450 1A2 predicted by molecular dynamics simulations
J. Phys.: Conf. Ser., in press.

Y. Watanabe, A. Oda, H. Gouda
Molecular dynamics study of the interaction between PACAP (6'-38') and the N-terminal extracellular domain of the human splice variant hPAC1-R-short, aiming at the development of neuropathic pain medicine
J. Phys.: Conf. Ser., in press.

加藤紘一、仲吉朝希、福吉修一、栗本英治、小田彰史
分子動力学法による小さいタンパク質の立体構造予測におけるシミュレーション時間の検討
名城大学総合研究所総合学術研究論文集, 17, in press (2018).

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