研究業績
2015年度
学会報告
Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
Influence of Genetic Polymorphism on Complex Structure of CYP1A2 with 7-Ethoxyresorufin Predicted by Docking and Molecular Dynamics Simulation
International Conference on Cytochrome P450（東京）平成27年6月13日
角田 潤、藤井理紗、高木悠里、栗本英治
In vitro における 20S プロテアソームαリング形成過程の解析
第 61 回日本薬学会東海支部 総会・大会（名古屋）平成 27 年 7 月 4 日
小田彰史、福吉修一、高橋央宜
D-アミノ酸のための分子力場パラメータの開発および評価
第11回D-アミノ酸学会学術講演会（長岡）平成27年8月25日
福吉修一、仲吉朝希、高橋央宜、小田彰史
密度汎関数法を用いたタンパク質中グルタミン酸の異性化経路探索
第11回D-アミノ酸学会学術講演会（長岡）平成27年8月25日
福吉修一、仲吉朝希、高橋央宜、小田彰史
Study of racemization reaction route of the glutamic acid assisted by water molecules
第43回構造活性相関シンポジウム・第10回薬物の分子設計と開発に関する日中シンポジウム（新潟）平成27年9月28日
村田瑛理子、福吉修一、山乙教之、広野修一、小田彰史
Structural comparison between wild-type and mutant N-acetyltransferase 2 using molecular dynamics simulation
第43回構造活性相関シンポジウム・第10回薬物の分子設計と開発に関する日中シンポジウム（新潟）平成27年9月28日
宮本康平、福吉修一、太田公規、遠藤泰之、小田彰史
Computational study on complex formation between androgen receptor and carborane derivative using molecular dynamics simulation
第43回構造活性相関シンポジウム・第10回薬物の分子設計と開発に関する日中シンポジウム（新潟）平成27年9月28日
藤井賢一朗、福吉修一、太田公規、遠藤泰之、山乙教之、広野修一、小田彰史
Structural bioinformatics studies of the active site residues in estrogen receptor alpha and beta
第43回構造活性相関シンポジウム・第10回薬物の分子設計と開発に関する日中シンポジウム（新潟）平成27年9月28日
渡邉友里江、福吉修一、平塚真弘、山乙教之、広野修一、小田彰史
Investigation of the substrate recognition for cytochrome P450 1A2 mediated by water molecules using docking and molecular dynamics simulations
第43回構造活性相関シンポジウム（新潟）平成27年9月29日
小田彰史、仲吉朝希、福吉修一
限られたアミノ酸のみからなる原始タンパク質の立体構造の推定
日本コンピュータ化学会2015秋季年会（函館）平成27年10月31日
藤井賢一朗、福吉修一、山乙教之、広野修一、小田彰史
Protein Data Bankに収載されているエストロゲン受容体立体構造についてのバイオインフォマティクス的検討
日本薬学会北陸支部第127回例会（富山）平成27年11月15日
仲吉朝希、福吉修一、高橋央宜、小田彰史
タンパク質中グルタミン酸の分子内環化反応についての量子化学計算
日本薬学会北陸支部第127回例会（富山）平成27年11月15日
Akifumi Oda
Structural predictions of primitive proteins including only limited types of amino acids
8th Astrobiology Workshop（東京）平成27年11月28日
加藤紘一、高木悠里、古橋隆久、栗本英治
酵母輸送タンパク質Emp46p / 47p のコイルドコイルドメインの会合特性と応用
BMB2015（神戸）平成 27 年 12 月 2 日
Shuichi Fukuyoshi, Tomoki Nakayoshi, Yurie Watanabe, Akifumi Oda
Solvent and substituent effect on lifetime of colored form of dinitrobenzylpyridine derivatives
Pacifichem 2015（Honolulu, USA）平成27年12月17日
Kenichiro Fujii, Shuichi Fukuyoshi, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
Evaluation of structual differences between estrogen receptor α and β using the ligand binding site search program HBOP/HBSITE
Pacifichem 2015（Honolulu, USA）平成27年12月18日
Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Akifumi Oda
Structural prediction of wild-type and mutant CYP1A2 complexed with 7-ethoxyresorufin using docking and molecular dynamics simulations
Pacifichem 2015（Honolulu, USA）平成27年12月18日
Akifumi Oda, Ohgi Takahashi, Shuichi Fukuyoshi
Evaluations of Force Field Parameters for D-Amino Acid Residues Using Density Functional Theory
56th Sanibel Symposium（St. Simons Island, USA）平成28年2月16日
Shuichi Fukuyoshi, Tomoki Nakayoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
Theoretical study on keto-enol tautomerization of glutarimide for exploration of the isomerization reaction pathway of glutamic acid in proteins using density functional theory
56th Sanibel Symposium（St. Simons Island, USA）平成28年2月17日
小田彰史、仲吉朝希、福吉修一
[GADV]-ペプチドと[GADS]-ペプチドの2次構造形成能の比較
第41回生命の起原および進化学会学術講演会（鳴門）平成 28 年3月15日
加藤紘一、栗本英治
酵母輸送タンパク質 Emp46p / 47p のコイルドコイルドメイン会合におけるプロリン残基変異の効果
日本薬学会第 136 年会（横浜）平成 28 年 3 月 27 日
福吉修一、仲吉朝希、高橋央宜、小田彰史
タンパク質中グルタルイミドのエノール化反応経路探索
日本薬学会第 136 年会（横浜）平成 28 年 3 月 28 日
小田彰史、仲吉朝希、福吉修一
なぜタンパク質は主にL-アミノ酸のみから構築されているのか：構造バイオインフォマティクス手法による推定
日本薬学会第 136 年会（横浜）平成 28 年 3 月 28 日
藤井賢一朗、福吉修一、山乙教之、広野修一、小田彰史
計算化学手法を用いたエストロゲン受容体αとβの立体構造の比較
日本薬学会第 136 年会（横浜）平成 28 年 3 月 28 日
皆瀬麻子、太田公規、小田彰史、遠藤泰之
カルボラン含有グリセロール誘導体の抗アンドロゲン活性
日本薬学会第 136 年会（横浜）平成 28 年 3 月 28 日
渡邉友里江、福吉修一、平塚真弘、山乙教之、広野修一、小田彰史
分子動力学シミュレーションを用いたCYP1A2の基質認識における水分子の役割の予測
日本薬学会第 136 年会（横浜）平成 28 年 3 月 29 日
原著論文
Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Akifumi Oda
Comparison of photoreactions of flutamide in acetonitrile and 2-propanol solvents in the absence of cage-forming compounds
J. Photochem. Photobiol. A, 298, 55-61 (2015).
M. Takahashi, T. Saito, M. Ito, C. Tsukada, Y. Katono, H. Hosono, M. Maekawa, M. Shimada, N. Mano, A. Oda, N. Hirasawa, M. Hiratsuka
Functional characterization of 21 CYP2C19 allelic variants for clopidogrel 2-oxidation
Pharmacogenomics J., 15, 26-32 (2015).
Ken Saijo, Jin Imamura, Koichi Narita, Akifumi Oda, Hideki Shimodaira, Tadashi Katoh, Chikashi Ishioka
Biochemical, biological, and structural properties of romidepsin (FK228) and its analogs as novel HDAC/PI3K dual inhibitors
Cancer Sci., 106, 208-215 (2015).
Kyoko Nakagawa-Goto, Akifumi Oda, Ernest Hamel, Emika Ohkoshi, Kuo-Hsiung Lee, Masuo Goto
Development of a novel class of tubulin inhibitor from desmosdumotin B with a hydroxylated bicyclic B-ring
J. Med. Chem., 58, 2378-2389 (2015).
Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi
Predicting three-dimensional conformations of peptides constructed of only glycine, alanine, aspartic acid, and valine
Orig. Life Evol. Biosph., 45, 183-193 (2015).
Akifumi Oda, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi
Effects of initial settings on computational protein-ligand docking accuracies for several docking programs
Mol. Simul., 41, 1027-1034 (2015).
Miyabi Ito, Yuki Katono, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional characterization of 20 allelic variants of CYP1A2
Drug Metab. Pharmacokinet., 30, 247-252 (2015).
Yurie Watanabe, Tomohiro Tanaka, Shuichi Fukuyoshi, Akifumi Oda
Investigation of photoreaction for 2-nitrobenzofuran and its 3-methyl derivative
J. Photochem. Photobiol. A, 311, 137-143 (2015).
Kiminori Ohta, Takumi Ogawa, Akifumi Oda, Asako Kaise, Yasuyuki Endo
Design and Synthesis of Carborane-containing Estrogen Receptor-beta (ERβ)-Selective Ligands
Bioorg. Med. Chem. Lett., 25, 4174-4178 (2015).
Chiharu Tsukada, Takahiro Saito, Masamitsu Maekawa, Nariyasu Mano, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional characterization of 12 allelic variants of CYP2C8 by assessment of paclitaxel 6α-hydroxylation and amodiaquine N-deethylation
Drug Metab. Pharmacokinet., 30, 366-373 (2015).
Akifumi Oda, Ikuhiko Noji, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi
Prediction of binding modes between protein L-isoaspartyl (D-aspartyl) O-methyltransferase and peptide substrates including isomerized aspartic acid residues using in silico analytic methods for the substrate screening
J. Pharm. Biomed. Anal., 116, 116-122 (2015).
Tomohiro Kojima, Takumi Ogawa, Souichiro Kitao, Manabu Sato, Akifumi Oda, Kiminori Ohta, Yasuyuki Endo
Estrogenic activity of bis(4-hydroxyphenyl)methanes with cyclic hydrophobic structure
Bioorg. Med. Chem., 23, 6900-6911 (2015).
Kentaro Ishii, Hiroki Enda, Masanori Noda, Megumi Kajino, Akemi Kim, Eiji Kurimoto, Ken Sato, Akihiko Nakano, Yuji Kobayashi, Hirokazu Yagi, Susumu Uchiyama, Koichi Kato
pH–Dependent Assembly and Segregation of the Coiled–Coil Segments of Yeast Putative Cargo Receptors Emp46p and Emp47p
PLOS ONE, 10, e0140287（2015）
著書
栗本英治（分担執筆）
第１章 力とエネルギー 1.1–1.3
薬学生のための基礎物理（中山尋量編）、pp. 17–44、廣川書店（平成 27 年 3 月）
