研究業績
2017年度
学会報告
伊藤優里、石原永梨、森下真衣、佐藤匡史、田中啓二、加藤晃一、栗本英治
ヒト20SプロテアソームシャペロンPAC4のX線結晶構造解析
日本生化学会中部支部第81回例会・シンポジウム（名古屋）平成29年5月20日
仲吉朝希、福吉修一、高橋央宜、栗本英治、小田彰史
リン酸触媒によるセリン残基の非酵素的反応：デヒドロアラニン残基生成機構の量子化学計算
第63回日本薬学会東海支部大会（岐阜）平成29年7月8日
前田航平、伊藤優里、角田潤、夏秋正岳、小田彰史、栗本英治
サブユニットの一本鎖化を応用したヒト20S プロテアソーム形成メカニズムの解析
第63回日本薬学会東海支部大会（岐阜）平成29年7月8日
Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational Studies on Water‐Catalyzed Stereoinversion Mechanism of Glutamic Acid Residues in Peptides and Proteins
Chirality 2017; 29th International Symposium on Chirality（Tokyo）平成29年7月10日
Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
Validation of molecular force field parameters for D-amino acids using quantum chemical calculations of model peptides
Chirality 2017; 29th International Symposium on Chirality（Tokyo）平成29年7月11日
Shuichi Fukuyoshi, Yoshie Hayami, Yurie Watanabe, Akifumi Oda
Experimental and Computational Study on Photoreaction of Flutamide and Its Cyano Analogue
XXIX IUPAP Conference on Computational Physics（Paris, France）平成29年7月10日-11日
Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Koichi Kato, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Computational studies on cyclic imide formation mechanism of glutamic acid residues catalyzed by two water molecules
XXIX IUPAP Conference on Computational Physics（Paris, France）平成29年7月10日-11日
Akifumi Oda, Koichi Kato, Mayu Morino, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ken Saijo, Chikashi Ishioka, Eiji Kurimoto
Prediction of three-dimensional structures of histone deacetylase 1 complexed with romidepsin and its analog
XXIX IUPAP Conference on Computational Physics（Paris, France）平成29年7月10日-11日
Yurie Watanabe, Koichi Kato, Shuichi Fukuyoshi, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Hiroaki Gouda, Akifumi Oda
Effect of the Arg456His mutation on the threedimensional structure of cytochrome P450 1A2 predicted by molecular dynamics simulations
XXIX IUPAP Conference on Computational Physics（Paris, France）平成29年7月10日-11日
Yurie Watanabe, Akifumi Oda, Hiroaki Gouda
Molecular dynamics study of interaction between PACAP (6'-38') and N-terminal extracellular domain of the human splice variant hPAC1-R-short aiming at development of neuropathic pain medicine
XXIX IUPAP Conference on Computational Physics（Paris, France）平成29年7月10日-11日
Koichi Kato, Kenichiro Fujii, Tomoki Nakayoshi, Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Kiminori Ohta, Yasuyuki Endo, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Structural differences of the ligand binding pockets between estrogen receptor alpha and beta
XXIX IUPAP Conference on Computational Physics（Paris, France）平成29年7月10日-11日
Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Ohgi Takahashi
Influences of conformations of peptides on stereoinversions and/or isomerizations of aspartic acid residues
The 3rd International Conference of D-Amino Acid Research （Varese, Italy）平成29年7月10日-12日
Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Quantum chemical studies on nonenzymatic repair mechanism of isomerized aspartic acid residues
The 3rd International Conference of D-Amino Acid Research （Varese, Italy）平成29年7月10日-12日
Shuichi Fukuyoshi, Akufumi Oda, Ohgi Takahashi, Tomoki Nakayoshi
Computational study on bond formation of a primitive protein including D-amino acid
The 3rd International Conference of D-Amino Acid Research （Varese, Italy）平成29年7月10日-12日
Koichi Kato, Yukiho Shimizu, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Analysis of functional segments in the coiled coil domains of yeast cargo receptors Emp46p/47p and application to pH sensitive devices
19th International Union of Pure and Applied Biophysics and 11th European Biophysical Societies' Association Congress（Edinburgh, UK）平成29年7月19日
仲吉朝希、福吉修一、加藤紘一、高橋央宜、栗本英治、小田彰史
密度汎関数法によるグルタミン酸残基の立体反転の検討
第15回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム（金沢）平成29年9月4日（若手研究者奨励賞）
加藤紘一、古橋隆久、栗本英治、小田彰史
酵母輸送タンパク質Emp46p/47pのコイルドコイルの会合メカニズム解析とpH依存性改変
第15回次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム（金沢）平成29年9月5日（若手研究者奨励賞）
成田瑶子、菱沼英史、齋藤さかえ、安田純、長﨑正朗、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
日本人2049人の全ゲノム解析から同定された8種のDHPレアバリント活性変化
第56回日本薬学会東北支部大会（青森）平成29年10月21日
福吉修一、仲吉朝希、小田彰史
D-アミノ酸を含む原始タンパク質のペプチド結合形成能についての計算化学的研究
第45回構造活性相関シンポジウム（土浦）平成29年11月29日
加藤紘一、仲吉朝希、福吉修一、栗本英治、小田彰史
グルタミン残基の非酵素的な脱アミド化機構の解析
第45回構造活性相関シンポジウム（土浦）平成29年11月29日
仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治、小田彰史
密度汎関数法によるグルタミン残基の非酵素的脱アミド化機構の探索
第45回構造活性相関シンポジウム（土浦）平成29年11月29日
小田彰史、加藤紘一、仲吉朝希、福吉修一、栗本英治
計算機によるドッキングで得られた複合体構造候補に対する分子動力学シミュレーション
第45回構造活性相関シンポジウム（土浦）平成29年11月29日
菱沼英史、赤井文香、成田瑶子、前川正充、山口浩明、眞野成康、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
21種類のジヒドロピリミジナーゼ遺伝子多型バリアントの機能解析
日本薬物動態学会第32回年会（東京）平成29年11月29日
公文代將希、細野寛貴、前川正充、小田彰史、平澤典保、平塚真弘
ニコチンC-酸化活性およびクマリン7-水酸化活性におけるCYP2A13遺伝子多型バリアント酵素の機能変化
日本薬物動態学会第32回年会（東京）平成29年11月30日
仲吉朝希、加藤紘一、栗本英治、小田彰史
セリン残基の非酵素的脱水機構についての量子化学計算
平成29年度日本生物物理学会中部支部講演会（名古屋）平成30年3月5日
仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治、小田彰史
アミノ酸残基の非酵素的反応はタンパク質構成アミノ酸の選択に影響を与えたか
生命の起原および進化学会第43回学術講演会（さいたま）平成30年3月16日
加藤紘一、仲吉朝希、栗本英治、小田彰史
炭酸イオンが触媒するGln 残基の脱アミド化機構の量子化学計算による解析
日本薬学会第138年会（金沢）平成30年3月27日
仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治、小田 彰史
Asp残基の異性化がリボヌクレアーゼA の立体構造に与える影響の分子動力学シミュレーションによる予測
日本薬学会第138年会（金沢）平成30年3月27日
小田 彰史、仲吉朝希、加藤紘一、福吉修一、栗本英治
ラセミ体のアミノ酸から構築された原始タンパク質の立体構造の推定
日本薬学会第138年会（金沢）平成30年3月27日
原著論文
Eiji Kurimoto, Tadashi Satoh, Yuri Ito, Eri Ishihara, Kenta Okamoto, Maho Yagi-Utsumi, Keiji Tanaka, Koichi Kato
Crystal structure of human proteasome assembly chaperone PAC4 involved in proteasome formation
Protein Sci., 26, 1080-1085 (2017).
Yurie Watanabe, Shuichi Fukuyoshi, Koichi Kato, Masahiro Hiratsuka, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Hiroaki Gouda, Akifumi Oda
Investigation of substrate recognition for cytochrome P450 1A2 mediated by water molecules using docking and molecular dynamics simulations
J. Mol. Graph. Model., 74, 326-336 (2017).
Eiji Hishinuma, Fumika Akai, Yoko Narita, Masamitsu Maekawa, Hiroaki Yamaguchi, Nariyasu Mano, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional characterization of 21 allelic variants of dihydropyrimidinase
Biochem. Pharmacol., 143, 118-128 (2017).
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Validation of molecular dynamics simulations for prediction of three-dimensional structures of small proteins
Molecules, 22, 1716 (2017).
Akifumi Oda, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto
Determination of molecular force field parameters for nitronyl nitroxide derivatives using quantum chemical calculations
Polyhedron, 136, 93-101 (2017).
Tomohiro Yoshida, Tatsuki Fukami, Takaya Kurokawa, Saki Gotoh, Akifumi Oda, Miki Nakajima
Difference in substrate specificity of carboxylesterase and arylacetamide deacetylase between dogs and humans
Eur. J. Pharm. Sci., 111, 167-176 (2018).
Masaki Kumondai, Hiroki Hosono, Masamitsu Maekawa, Hiroaki Yamaguchi, Nariyasu Mano, Akifumi Oda, Noriyasu Hirasawa, Masahiro Hiratsuka
Functional characterization of 9 CYP2A13 allelic variants by assessment of nicotine C-oxidation and coumarin 7-hydroxylation
Drug Metab. Pharmacokinet., 33, 82-89 (2018).
Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Ohgi Takahashi, Akifumi Oda
Computational studies on non-succinimide-mediated stereoinversion mechanism of aspartic acid residues assisted by phosphate
Mol. Phys., 116, 686-696 (2018).
Akifumi Oda, Tomoki Nakayoshi, Shuichi Fukuyoshi, Eiji Kurimoto, Noriyuki Yamaotsu, Shuichi Hirono, Ohgi Takahashi
Validation of molecular force field parameters for peptides including isomerized amino acids
Chirality, 30, 332-341 (2018).
著書
栗本英治（分担執筆）
第3章 物質の変化 3.1 反応速度 3.1.6 反応速度と温度との関係 3.1.7 触媒反応
レファレンス物理化学（米持悦生、近藤伸一、山中淳平編）、pp. 340－359、廣川書店（平成29年4月）
