研究業績
2025年度
学会報告
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、小田彰史
SARS-CoV-2メインプロテアーゼとエンシトレルビルの複合体に対する全残基のvirtual alanine scan
第89回日本生化学会中部支部例会（名古屋）令和7年5月24日
仲吉朝希、水野文人、加藤紘一、小田彰史
分子動力学法による酵素protein L-isoaspartyl O-methyltransferaseの基質認識機構の解明
第89回日本生化学会中部支部例会（名古屋）令和7年5月24日
小田彰史
COを反応物・触媒とする化学反応の量子化学計算：非酵素的に生体分子は作れるか？
「CO world」戦略会議：前駆代謝研究のこれまでとこれから（大阪）令和７年6月13日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Non-enzymatic Reaction of Ornithine Residues in Primitive Protein
13th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2025) (Oslo) 令和7年6月24日
Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Structural predictions of complex of protein L-isoaspartyl O-methyltransferase and substrates
13th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemists (WATOC 2025) (Oslo) 令和7年6月26日
風見美薫、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、菱沼英史、平塚真弘、加藤紘一、小田彰史
CYP2C19の基質認識時の構造変化と基質の結合様式
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
高橋大輝、水野文人、仲吉朝希、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
野生型及び変異型ジヒドロピリミジナーゼの立体構造の分子動力学シミュレーションによる解析
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
峯岸昂生、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
アミロイドβにおいてSer26のD-化とGlu3の環化反応が二次構造に与える影響
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
古賀朱莉、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
ウシ膵臓リボヌクレアーゼAのアスパラギン残基の脱アミド化が立体構造に与える影響
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
重原龍至、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
複数鎖原始タンパク質の分子動力学シミュレーション
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
大城寧音、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、藤垣英嗣、加藤紘一、小田彰史
KAT2-阻害剤複合体の立体構造解析のための分子動力学シミュレーション
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、小田彰史
SARS-CoV-2 メインプロテアーゼ阻害剤の薬剤耐性予測としてのVirtual Alanine Scan
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
仲吉朝希、水野文人、加藤紘一、小田彰史
分子動力学計算による酵素protein L-isoaspartyl O-methyltransferaseの種差の解析
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
林勇佑、吉田圭佑、内田朱音、西野絢音、竹内寛登、内田大貴、青山浩、仲吉朝希、北垣伸治
面不斉ホスフィン触媒を用いた三置換push-pullアルケンとアレノエートの(2+3)型環化反応
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
藤田緑、吉田圭佑、森口真輝、仲吉朝希、北垣伸治
スペーサーとしてエチニル基を導入したパラシクロファン骨格をもつホスフィン-フェノール触媒の合成と利用
第71回日本薬学会東海支部総会・大会（名古屋）令和7年7月5日
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Kenju Inaoka, Ayumi Shingaki, Koichi Kato, Akifumi Oda
Computational studies for structural features of tetrameric amyloid β1-42 peptides with D-Asp1, 7, and 23 residues.
5th International Symposium on Frontiers in Molecular Science (ISFMS 2025) (Kyoto) 令和7年8月27日
大城寧音、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、藤垣英嗣、加藤紘一、小田彰史
キヌレニンアミノトランスフェラーゼ2と阻害剤との複合体の立体構造推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
仲吉朝希、水野文人、加藤紘一、鷹野優、小田彰史
酵素protein L-isoaspartyl/D-aspartyl O-methyltransferaseによる基質認識機構の解析
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
峯岸昂生、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
Ser26のD-化およびGlu3の環化がアミロイドβの立体構造に与える影響の推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
古賀朱莉、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
ウシ膵臓リボヌクレアーゼAのドメインスワッピングにアスパラギン残基の脱アミド化が与える影響の分子動力学シミュレーションによる推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、小田彰史
酵素非存在下でのペプチド結合形成反応の量子化学計算
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
重原龍至、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
ペプチドが複数集まってできた原始タンパク質候補の分子動力学シミュレーションによる構造推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
高橋大輝、水野文人、仲吉朝希、菱沼英史、平塚真弘、栗本英治、加藤紘一、小田彰史
分子動力学シミュレーションを用いた野生型及び変異型ジヒドロピリミジナーゼ2量体の立体構造解析
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
風見美薫、水野文人、仲吉朝希、栗本英治、菱沼英史、平塚真弘、加藤紘一、小田彰史
CYP2C19の基質認識時の構造変化と基質の結合様式の推定
第53回構造活性相関シンポジウム（東大阪）令和7年9月4日
水野文人、仲吉朝希、加藤紘一、小田彰史
非酵素的ペプチド結合形成反応の量子化学計算
第19回D-アミノ酸学会学術講演会（茨木）令和7年9月5日
仲吉朝希、水野文人、加藤紘一、鷹野優、小田彰史
計算化学手法に基づく酵素PIMTの基質結合時の構造変化の解析
第19回D-アミノ酸学会学術講演会（茨木）令和7年9月5日
仲吉朝希、大西裕介、田中秀明、栗栖源嗣、小田彰史、鷹野優
分子動力学法による植物型フェレドキシンの酸化還元依存的構造変化の自由エネルギー解析
第19回分子科学討論会（広島）令和7年9月10日.
原著論文
Ayato Mizuno, Tomoki Nakayoshi, Kenju Inaoka, Ayumi Shingaki, Eiji Kurimoto, Koichi Kato, Akifumi Oda
Molecular Dynamics Simulations of Monomeric and Tetrameric Amyloid β1-42 Peptides with D-Aspartic Acid Residues
ChemBioChem, 26, e202500171 (2025).
Koichi Kato, Haruka Asai, Tomoki Nakayoshi, Ayato Mizuno, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa
Investigation of the Effect of C-terminal Adjacent Phenylalanine Residues on Asparagine Deamidation by Quantum Chemical Calculations
Int. J. Mol. Sci., 26, 6819 (2025).
Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano
Reduction-Induced Structural and Motional Changes of Plant-Type Ferredoxin Using Molecular Dynamics and Umbrella Sampling Simulations
J. Comput. Chem., 46, e70180 (2025).
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Yuna Moritsuki, Saki Makino, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda
Molecular Dynamics Simulations of Computationally Predicted Protein–Ligand Complex Structures to Evaluate the Structural Validity
Springer Proceedings in Physics, in press.
Koichi Kato, Tomoki Nakayoshi, Eiji Kurimoto, Akifumi Oda, Yoshinobu Ishikawa
Computational study of the Ring-Opening Process in Nonenzymatic Peptide-Bond Cleavage at the C-Terminal Side of an Asparagine Residue
Springer Proceedings in Physics, in press.
