薬学研究科は薬剤師の医療の担い手としての積極的な貢献を目指す「臨床薬学専攻」と薬に関する高い知識と倫理観を養い、研究・医薬情報の場での活躍を目指す「生命薬学専攻」の2専攻を有します。臨床薬学専攻はさらに「臨床技能コース」と「病態解析コース」の2コースを有しています。臨床薬剤師の育成が最重要課題と位置付け、医療現場での教育が必須であるとの認識のもとに、藤田保健衛生大学医学部と連携大学院を開設しました。付属大学病院では1年余の期間，医師・薬剤師・看護師等の指導の下に、実学としての臨床薬学を学びます。一方、大学においては、サイエンスとしての最新の薬学を学び、研究します。2年修了後には「修士（薬学）」の学位が授与されます。さらに，高度な薬学を探求する人は後期博士課程に進学し、博士（薬学）の学位を取得します。社会がより高度な薬学の知識を求める今日、大学院で学ぶ学生は年々増えております。